在2014年太陽花學運的323政院驅離案中，民眾自訴前總統馬英九等人殺人未遂，台北地院3日開辯論庭審理。馬英九表示，當時有訊息下一步抗議群眾就要攻進總統府，「這是很嚴重的國安問題」，站在政府的立場，對脫序的陳抗勢必應該處理，否則恐造成股市崩盤、國家癱瘓，他不解為何學運分子不願對話，「除非你想把國家搞垮！」
台北地院審理「太陽花」學運民眾控告馬英九殺人未遂自訴案，馬英九3日上午9點半出庭，合議庭先進行自訴代理人論告程序，馬英九戴著口罩乾等，聆聽自訴方共20多名律師輪番指控數小時，直到下午4點才輪到馬英九發表意見。
馬英九在庭上表示，「行政院不是隨便可以去喝咖啡、唱歌的地方。」法律明訂行政院是集會遊行禁制區，陳抗人士可以表達意見，但不能破壞憲政機關運作。
馬也指出，當時服貿協議當時只是備查，仍可政黨協商，何況早已開過24場公聽會，程序非常透明，但卻被批「黑箱作業」。他除了讓前行政院長江宜樺出面，還親自邀學生進總統府對談，公開轉播，但學生卻以各種理由推託，他質疑學生根本不想對談，就是要把國家拖垮。
馬英九還說，學運分子霸占立法院與攻占行政院2個憲政機關，狀況不同，立法院院會開不成，至少委員會可以進行，行政院一被癱瘓就不能運作。馬英九說，學生轉進行政院後，當時有訊息下一步抗議群眾就要攻進總統府，「這是很嚴重的國安問題」，站在政府的立場，對脫序的陳抗勢必應該處理。
至於自訴代理人將行政院驅離比擬成中國的「六四」、台灣的「二二八」等歷史事件，馬英九說，這是完全邏輯不通，「六四」天安門事發的地點場地比台北市大，中共派了5個軍區、25萬名解放軍到現場強行鎮壓，且多是真刀、真槍，還有戰車開到天安門廣場，「二二八」事件造成865人的死亡，有2千多名民眾失蹤，也與「太陽花案件」無關。馬更強調，行政院當天幸好沒有被占領，「否則當天股市一定崩盤」。
同為被告，時任中正一分局長的方仰寧則表示，他接到電話得知行政院遭侵入而就近支援行政院，他發現行政院設備遭破壞，門戶被堵起來，「這就是刑案犯罪現場」，他有權依法逮捕，將暴徒清離二樓的重要辦公室，他知道「行政院裡有100多支長短槍，也有重要機密文件。」
方仰寧也說，他不斷廣播勸群眾離開，剩下不離開的，他不知對方的居心及企圖，只好架離及抬離，符合比例原則。他更質疑，如果當初槍支及重要文件被拿走，是否他會因此而被控瀆職遭審判。
自訴人委任律師尤伯祥則表示，馬英九、江宜樺以及王卓鈞雖然都不在行政院現場，三人手上沒有沾一滴血，沒有任何一名施暴員警被檢警找出來，但違法就是違法，本件沒有阻卻違法的理由，因此馬英九等4名被告與暴警同罪。
而經過整天約7小時的審理，本案言詞辯論終結，定於9月15日，暫定台北地院刑事庭一審宣判。此案的自訴代理人，也公開了法廷中播放的投影片檔案。（英國下議院邀陳建仁聽證）
