解嚴後的歷任總統，對釣魚台主權主張各異，最極端的是李登輝，他主張釣魚台屬於日本；馬英九是保釣運動大將，對主權維護最積極，任內議定《台日漁業協議》；陳水扁曾登彭佳嶼宣示釣魚台主權，執政之初，派3艘軍艦繞釣魚台海域；蔡英文則重申釣魚台主權。以4位總統保釣作為而論，馬政府時，上下一心，強勢向日方表達釣魚台是我領土，終獲簽訂台日漁業協定。裡子面子兼顧，獲最大進展。
著重漁權 阿扁避地雷
解嚴以來，4位總統因出身背景與政黨不同，加上須考量美日等外部環境影響，對釣魚台主權有不同主張與表現。李登輝在所著《餘生》中說「釣魚台列嶼不歸屬台灣」，引起朝野嘩然。蔣經國總統在1988年驟逝，副總統李登輝繼任總統，當時海空軍活動侷限於以釣魚台及與那國島和台灣的中線以西，漁民在釣魚台附近作業時，不斷受到日本政府驅趕。李登輝卸任後，2002年卻明確主張釣魚台屬於日本，他說，歷史上沒有任何事實證明釣魚台屬於中國大陸，日本已長期實質占有釣魚台，主權屬於日本是國際法的現實，最近中日又沒戰爭，為何主權會變大陸的？
陳水扁在2005年8月10日曾親自帶領媒體參訪彭佳嶼，並在島上主持「海疆屏障」揭碑儀式，展現維護北方海域秩序決心，還重申釣魚台主權屬於台灣。
陳水扁8年任內，釣魚台海域僅有零星爭議，因此扁政府除了一貫宣示釣魚台主權以外，也主張依循國際法慣例，以溝通談判解決爭端，並主張漁權問題與主權爭議應脫鉤處理，他是「台美日價值同盟」戰略觀，台灣與日本已經維持多年友好關係，加入釣魚台主權爭議將嚴重破壞台日關係，對台灣極為不利，因此扁政府只向日本爭取漁權共享。
維護主權 老馬最積極
台灣在60年代掀起保釣運動，馬英九是重要成員。他在1986年於政大法律研究所任教期間出版《從新海洋法，論釣魚台列嶼與東海劃界問題》，後來他在哈佛的博士論文《怒海油爭：東海海床劃界及外人投資之法律問題》，都談釣魚台主權。馬也和扁一樣，到彭佳嶼宣示主權，並就《東海和平倡議》發表政策談話。2013年，台日簽署漁業協議，釣魚台主權未讓，資源共享，是其任內重大政績。協議為解決釣魚台漁業糾紛，除重新劃定台日漁民作業區域及兩國執法權限外，為達到「主權不能讓步，資源可以共享」原則，在協議中加入「免責條款」，確定雙方落實協議的行為，不影響各自在海洋法問題的立場。
至於蔡英文，石垣市將釣魚台列嶼更名為「登野城尖閣」，相對於大陸派出海警驅逐日本漁船，以及宜蘭地方抗議的大動作，蔡英文回應一貫冷處理，僅由總統府重申釣魚台列嶼是中華民國領土，在野黨與漁民盼蔡政府勿讓維護主權淪為口頭宣示。
