健保法規定只要醫療院所領取的健保費用超過一定門檻，就需公布財報，民國102年到106年的門檻是4億元，107年則降到2億元，結果首次有基層診所及藥局入列。
健保署公布民國107年醫院財報，健保領取超過二億的共有四間，不論醫務收入、整體收入都有盈餘，整體收入賺最多的是遠東聯合診所，申報健保金額高達4.34億元、整體盈餘超過7900萬元；其次為斗六慈濟診所，申報費用2.52億元、賺6000萬元；醫院方面，以林口長庚醫院年賺78億元蟬聯最賺醫院。
這次財報中發現領取超過二億的藥局只有一家是政昇藥局，是國內首間處方宅配藥局，據點設在台北市，卻收取全國處方箋的藥局，在一整年中向健保署申請的調劑費和藥費多達二點二億元，但整體結餘卻是0元。為何申報二億多結餘卻是0元，健保署並沒有解釋。
長庚醫院有最賺錢醫院，也有最賠錢醫院，去年嘉義長庚醫院整體虧損多達7.13億元，其次是輔大醫院5億元、麻豆新樓醫院1.26億元、敏盛綜合醫院9000萬元、雲林長庚醫院8900萬元。
