大考中心15日舉行109學年度指考防疫措施說明會時指出，2020年指考考生須全程配戴口罩並配合量體溫，且不開放家長陪考，每間試場人數由42人調降為36人，中午用餐時將提供隔板。對於指考期間確診、居家隔離或檢疫的考生，也有安排補考的時程。
109學年度指定科目考試訂於7月3日至5日舉行，大考中心主任周兆民在防疫措施說明會表示，試場人數由每間42人降為36人，除避免群聚之外，冷房效果也比較好。同時將管制考場進出動線，各考分區採單一入口，並提早半小時讓考生進場，上午7點開始量體溫；此外，不開放家長陪考，由集體報名單位或考分區安排考生服務隊協助，身心障礙或重大傷病考生可申請1人陪考。
周兆民表示，2020年指考將比照會考，進入考分區及試場者，須全面配戴口罩，口罩由教育部提供，考生屢經勸導仍不配戴或不戴好口罩，將予以記錄並送考試委員會討論，考生進試場且屢經勸導仍不配合戴好口罩，依規定最重可扣該節全部成績。
周兆民指出，指考考生進入考分區時，必須出示大考中心發送的個人專用入場識別證及應試有效證件正本，同時配戴口罩並配合量體溫，如現場量測發燒者，須遵從指示移至防疫備用試場應試，防疫備用試場每間最多安排5人。
考場內冷氣的部分，周兆民說，指考試場全面開放冷氣，前後門關閉，但會於教室對角處各開一扇窗（約開啟15公分）；考生可於中午休息時間外出用餐，如於試場內用餐，可向考分區服務人員領取用餐隔板，初步以考生人數2倍來規畫隔板數量。
為了整體考生應試安全，大考中心將於考前與中央流行疫情指揮中心勾稽資料，並通知確診、居家隔離或檢疫等考生於指考考試期間不要到場，改為參加7月20日至22日的補考。
大學招生委員會聯合會綜合業務組長王盛麒表示，參加補考的考生，將就其報考科目，全部重新考試，達各系最低分發標準者，會以外加名額方式錄取，不影響其他考生權益，但醫學系、中醫系、牙醫系及師培公費生等校系涉及政府人力管控，因此不納入補考分發。（6/15零確診止步）
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