儘管新冠肺炎疫情嚴峻，但清明連假期間多個景點仍擠滿人潮，假期結束的防疫考驗才正要開始。台鐵、高鐵、捷運等大眾運輸配合「防疫社交距離」指引，要求乘客須全程配戴口罩，而台鐵、高鐵停售便當、飲料與食品，北捷、台鐵更開罰不戴口罩的乘客。
自4月1日起，高鐵全面實施旅客進站體溫測量，連續量測2次額溫達37.5℃則拒絕載送，且搭乘高鐵需全程配戴口罩。4月5日起停止列車上推車販售服務，而車廂內禁止飲食，並撤除椅背網袋內TLife車上雜誌。
高鐵公司表示，商務車廂暫停供應熱飲，改為提供單獨包裝的甜鹹點心各1份及瓶裝水，也停止提供書報雜誌；如須閱讀高鐵車上刊物TLife可至7車整備室索取、不回收，也可透過TLife台灣高鐵車上刊物App線上閱讀。
根據統計，高鐵清明節疏運期間實施全車對號座，4月5日共載運17萬6千餘人次旅客，其中有60位旅客到站時未配戴口罩、占0.03%，經站務人員說明後，旅客多配合至車站便利商店購買口罩配戴後進站乘車。另有一位旅客因體溫超過37.5度，遭高鐵婉拒搭乘。
台鐵同樣配合疫情指揮中心「防疫社交距離」要求，減少車勤人員與旅客接觸。為避免旅客於列車上用餐，自4月4日起，暫停列車電話預訂與票訂便當服務；自4月5日起台鐵列車停售便當，飲料與食品。台鐵提醒，已票訂便當的旅客可於乘車前至售票窗口退訂、或待車服人員於車上退款。為落實防疫工作，乘客須全程配戴口罩，不聽勸導最高罰1.5萬元。
大眾運輸工具要求乘車時全程配戴口罩，但就有乘客不予理會，成為北捷開罰首例。4月5日下午3時左右，一名年約30歲女性的旅客於板南線國父紀念館站進站時未戴口罩，經勸導不聽並強行上車，後由捷運中山站離站。另外，台鐵也針對一名乘客瑞芳站上車男性乘客，在車廂中脫下口罩，辱罵乘客並攻擊列車長等行為，函送基隆市衛生局開罰。
台北捷運公司指出，取得該名旅客資訊後，將通報衛生單位，依傳染病防治法開罰3,000元至1萬5,000元。統計4月4日至4月5日2天，勸導旅客戴口罩約1萬4,300人，勸導不聽拒載約1,500人。
