吳智泰在教育部、軍訓界最爭議的，是他「內舉不避妻」，其妻王姓中校剛取得候選資格，吳智泰就以手上的權力予以保薦，無視功獎積分超越其妻的其他資深中校，甚至教育部友人勸說「這樣會讓想幫你的長官難做人」，他還是拚命「灌」功獎給自家夫人，不畏清議、不恤人言。
吳智泰連年推薦自己的老婆、北港高中王姓中校教官晉升上校，大剌剌「內舉不避妻」的行徑，也引發高度爭議。一名看不下去的Y教官說：「吳一上任，就以自己的職權推薦老婆，當時她還是最菜的候選人。」
由於吳智泰絲毫沒考慮年資、功獎積分都在他老婆之上的其他中校升遷，教育部裡跟吳有交情的官員、高階軍官勸他：「你這麼赤裸裸地保薦老婆，部裡長官勾選時會很為難，要不要你們夫妻倆其中一人調離雲林？這樣，尊夫人被保薦到部裡時，比較不會讓想幫你的長官難做人。」
不料，吳智泰竟理直氣壯地說：「如果我老婆調到外縣市，但該縣市的主管沒有保薦她，那不是又要等嗎？」Y教官指出，說穿了，吳就是想用自己的權力，幫老婆的肩膀上加一顆梅花。
就這樣，從2016年9月迄今，每半年一次，吳智泰從不氣餒、毫不避忌，屢敗屢戰地保薦自己的老婆。吳也知道，若論功獎積分，老婆壓根比不上排在她前面的學長、姐，於是他拚命灌功獎給自己的老婆。
Y教官說，吳很聰明，知道記功一次以上，才需報教育部檢討，所以他每次只給老婆一支功，灌了幾年，吳的老婆功獎已超越學長們，下一次出線的機率很大。不過，因為他們的夫妻關係，會變成長官圈選時的負擔，於是吳又動員教育部裡的關係，想讓老婆支援國教署，這樣就沒有夫妻迴避的問題。
吳智泰的行徑被檢舉到監察院，但教育部回函卻避重就輕，僅寫到：「王員（吳的老婆）獎勵額度均為一次…符合本部獎勵積點運用規範。」Y教官氣憤地說：「廢話！吳就是利用這個巧門灌功獎給老婆，教育部為何不查一下，吳到任前後，王的功獎『漲幅』為何？吳當過教育部國會聯絡人，朝中有人，所以根本沒在怕！」
對這些指控，吳智泰則強調，推薦其妻晉升上校，都是秉公處理，人評會上他也迴避了，但還是風風雨雨，因此，去年底他乾脆請妻子放棄申請保薦，吳智泰認為，最近正是督導遴選的關鍵時刻，他懷疑此時投訴本刊，背後是有不可告人動機的。
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