วัดคณิกาผลสร้างโดยคุณยายแฟง เจ้าของสำนักโสเภณีชื่อ ‘โรงยายแฟง’ โรงโสเภณีชั้นสูงที่ตั้งอยู่ ณ ตรอกเต๊า ถนนเยาวราช (ปัจจุบันคือซอยเจริญกรุง 14) เมื่อ พ.ศ. 2376 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ตอนแรกวัดแห่งนี้ไม่มีชื่อ แต่ชาวบ้านนิยมเรียกว่า ‘วัดใหม่ยายแฟง’ ต่อมาลูกหลานของยายแฟงได้บูรณะวัดขึ้นใหม่และกราบบังคมทูลขอพระราชทานนามใหม่จากรัชกาลที่ 4 ซึ่งได้พระราชทานนามว่า ‘วัดคณิกาผล’ แปลว่า วัดที่สร้างจากผลประโยชน์ของนางคณิกา (คำว่า “คณิกา” แปลว่า หญิงผู้ทำอาชีพขายบริการทางเพศ)