เมื่อช่วงดึกของวันที่ 19 กันยายน 2549 บรรดาผู้นำเหล่าทัพไทยได้พากันยึดอำนาจจากรัฐบาลรักษาการของ ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีขณะนั้นซึ่งอยู่ระหว่างการเดินทางไปยังสหรัฐฯ เพื่อร่วมการประชุมขององค์การสหประชาชาติ ซึ่งนับเป็นการใช้กำลังยึดอำนาจรัฐครั้งแรกในรอบ 15 ปี ของการเมืองไทย
พลเอกสนธิ บุญยรัตกลิน ผู้บัญชาการทหารบกในขณะนั้น ประกาศตัวเป็นหัวหน้าคณะรัฐประหารที่เรียกตัวเองว่า “คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข” โดยการยึดอำนาจของพลเอกสนธิ เป็นไปอย่างราบรื่น ปราศจากการต่อต้านด้วยอาวุธ หลังประชาชนจำนวนมากออกมาประท้วงขับไล่ ทักษิณ ออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีอย่างต่อเนื่องและยาวนาน
พลตรีประพาศ ศกุนตนาค โฆษกคณะรัฐประหารกล่าวถึงเหตุผลในการยึดอำนาจครั้งนี้ว่า
“ด้วยเป็นที่ปรากฏความแน่ชัดว่า การบริหารราชการแผ่นดินโดยรัฐบาลรักษาการปัจจุบัน ได้ก่อให้เกิดปัญหาความขัดแย้ง แบ่งฝ่าย สลายความรู้รักสามัคคีของชนในชาติอย่างไม่เคยปรากฏมาก่อนในประวัติศาสตร์ชาติไทย
ต่างฝ่ายต่างมุ่งหวังเอาชนะด้วยวิธีการหลากหลายรูปแบบ และมีแนวโน้มนับวันจะทวีความรุนแรงมากยิ่งขึ้นโดยประชาชนส่วนใหญ่ เคลือบแคลงสงสัยการบริหารราชการแผ่นดิน อันส่อไปในทางทุจริต ประพฤติมิชอบอย่างกว้างขวาง
หน่วยงานองค์กรอิสระถูกครอบงำทางการเมือง ไม่สามารถสนองตอบเจตนารมณ์ตามที่ได้บัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ทำให้การดำเนินกิจกรรมทางการเมืองเกิดปัญหาและอุปสรรคหลายประการ ตลอดจนหมิ่นเหม่ต่อการหมิ่นพระบรมเดชานุภาพแห่งองค์พระมหากษัตริย์ ผู้ทรงเป็นที่เคารพเทิดทูนของปวงชนชาวไทยอยู่บ่อยครั้ง
แม้หลายภาคส่วนสังคมจะได้พยายามประนีประนอมคลี่คลายสถานการณ์มาโดยต่อเนื่องแล้ว แต่ก็ยังไม่สามารถที่จะทำให้สถานการณ์ความขัดแย้งยุติลงได้
ดังนั้น คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นพระประมุข ซึ่งประกอบด้วยผู้บัญชาการเหล่าทัพ และผู้บัญชาการสำนักงานตำรวจแห่งชาติจึงมีความจำเป็นต้องยึดอำนาจการปกครองแผ่นดินตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป
โดยคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นพระประมุขขอยืนยันว่า ไม่มีเจตนาที่จะเข้ามาเป็นผู้บริหารราชการแผ่นดินเสียเอง
แต่จะได้คืนอำนาจการปกครองระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นพระประมุขกลับคืนสู่ปวงชนชาวไทยโดยเร็วที่สุด ทั้งนี้เพื่อธำรงรักษาไว้ซึ่งความสงบสุขและความมั่นคงของชาติรวมทั้งเทิดทูนไว้ซึ่งสถาบันพระมหากษัตริย์อันเป็นที่เคารพยิ่งของปวงชนชาวไทยทุกคน”
อย่างไรก็ตาม ภายหลัง “คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข” ได้เปลี่ยนสภาพมาเป็น “คณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ” (คมช.) หลังการประกาศใช้ รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ฉบับชั่วคราว พ.ศ. 2549 ในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2549
ทั้งนี้ การรัฐประหารที่เกิดขึ้นเป็นครั้งสุดท้ายก่อนการรัฐประหาร 19 กันยายน คือการรัฐประหารเมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ 2534 ซึ่งคณะรัฐประหารที่เรียกตัวเองว่า คณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ ได้ใช้กำลังยึดอำนาจจากรัฐบาลของพลเอกชาติชาย ชุณหะวัณ ด้วยข้อหาที่แทบไม่ต่างไปจากเหตุผลที่ใช้ในการยึดอำนาจของทักษิณในอีกกว่า 15 ปีต่อมา และอาจกล่าวได้ว่าเป็นจุดเริ่มต้นวิกฤตทางการเมืองรอบทศวรรษของประวัติศาสตร์การเมืองไทยสมัยใหม่ แต่แล้วการรัฐประหาร 19 กันยายน 2549 ก็ถูกเรียกว่าเป็น ‘รัฐประหารเสียของ’ หลังการรัฐประหารวันที่ 22 พฤษภาคม 2557 และยกเลิกรัฐธรรมนูญ 2550
