復康巴士原意為殘疾人士及其陪同者提供支援，不過最新《審計報告》指出，復康巴士服務監管不足，其中負責的兩間營運商有多處未達規定，周年報告更遲交一年多；而有關車輛更換方面，相關營運商在5年間採購車輛數目達124架，花費接近1.4億港元，即使欠缺相關資料，運輸署仍照批；報告亦指出，有2成復康巴士固定路線，每月乘客僅得6人或以下，而有關服務的輪候人數卻近百，當中有8人更已輪候超過1年，最長等候22.7個月仍未獲安排提供服務。
《審計報告》提到，目前復康巴士服務共由兩間營運商負責，營運商A提供固定路線及電話預約服務；營運商B則負責穿梭服務，兩所營運商去年份別獲1.12億及1,300萬港元資助。然而，兩所營運商均有違規定。按有關部門指引，營運商A及B最少每季開會1次。然而審計署發現，營運商B在兩年間只開過1次有關會議，而且營運商B遲交多份財務文件，其中去年及今年預算，分別延遲近5個半月及4個月，而2020至2021年度的經審計周年帳目更遲交1年多。
另外，運輸署負責復康巴士服務車輛採購安排。由2018至2019年到2022至2023年度，車輛採購數量為124架，開支高達1.353億港元。報告指，運輸署應按指引，審慎評估營運商採購理據及成本效益，又指營運商未有向運輸署提交部分資料，如現有車輛的使用情況，惟署方仍批准。
而路線方面，《審計報告》指出復康巴士服務固定路線由2019年的106，增至2023年的121條，不過乘客卻有所減少。每條路線實際全年平均乘客人次由4,139減近3成，跌至2,912名，而當中有22條路線每月平均更只有6名乘客或以下。然而，有關服務的輪候人次卻有98名，有8名已輪候逾1年，最長的輪候時間更接近兩年。
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