馬祖屬群島形式，大大小小的島嶼共36個，當中以四鄉五島為主，分別是南竿鄉、北竿鄉、東引鄉及莒光鄉，而莒光鄉又分為東莒島及西莒島。旅客遊馬祖，大多都在有機場連接的南竿及北竿轉，追藍眼淚、逛閩東聚落、看軍事景點、探梅花鹿，以及看海景日落等。即看以下精選4天3夜馬祖跳島行程推介，假如一定要去看東湧燈塔（東引島燈塔）和東犬燈塔（東莒島燈塔）的話，就要多留兩天了。
Day 1 香港 ▶台北 ▶ 松山機場往南竿 ▶ ❶ 北海坑道 ▶ ❷ 大漢據點 ▶ ❸ 鐵堡 ▶ 晚餐：鐵板小館 ▶ 北海坑道藍眼淚
住宿：日光海岸
Day 2 ❹ 介壽獅子市場吃鼎邊糊 ▶ 福澳港往 ❺ 大坵島 ▶ 南竿福澳港 ▶ 午餐：依嬤的店 ▶ ❻ 八八坑道 ▶ 福澳港往北竿 ▶ ❼ 芹壁村 ▶ 晚餐：鏡沃小吃部 ▶ 追藍眼淚團
住宿：芹壁村民宿
Day 3 民宿早餐 ▶ 芹壁村 ▶ ❽ 午餐：北竿大街（魚麵、黃金地瓜餃） ▶ 白沙港往南竿 ▶ ❾ 津沙聚落 ▶ 晚餐：海邊夫人咖啡館 ▶ 追藍眼淚
住宿：海邊夫人咖啡館
Day 4 民宿早餐 ▶ ❿ 藍眼淚生態館 ▶ 午餐：大眾飲食店 ▶ 南竿機場往台北 ▶ 松山 ▶ 香港
❶ 北海坑道
鄰近大陸的馬祖，是台灣的軍事戰略重地，島上到處是軍事據點和相關建築，當中又以南竿的北海坑道最有代表性。1968年，台灣政府通過「北海計劃」，在南竿、北竿和東引三島挖掘坑道，以供存放作戰用登陸艇。當中以南竿的井字型地下運河網最龐大，全長640米，闊10米，高18米，可停泊100多艘艇，當年技術未如現今發達，只靠炸藥和人力開鑿，工程歷時820天，同時也犧牲了不少士兵的寶貴生命。配合潮漲潮退時間表，北海坑道於日間免費開放，沿步道走一圈約需30分鐘，也可付費坐上搖櫓或獨木舟沿河遊覽，前者由專人划船，後者則靠自己划。另外每年藍眼淚季節（約3月至9月或10月），坑道會在夜晚舉辦賞淚團，每晚有六個時段可選，須預約，可自行致電或請民宿代勞。
地址：連江縣南竿鄉北海坑道
電話：+886(0)836-22177
開放時間：8:30am-5:30pm（視乎潮汐漲退時間而定，潮汐漲退時間表查詢：www.matsu-nsa.gov.tw）
費用：步道免費開放，獨木舟每船NT$350，搖櫓每位NT$150；夜間賞淚每位NT$300
開放時間：乘搭山線公車至仁愛村站下車，再步行約4分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❷ 大漢據點
位於北海坑道對面的大漢據點，就在鐵板海岸線上，監控着莒光方向的水道交通，故此軍方選擇在此建造一個三層高的軍事基地。和北海坑道一樣，同樣為炸藥加人手開鑿，內裏四通八達，有多個機槍大炮房，也有軍人住的地下石室、廚房甚至廁所，保存完整。成為觀光景點後，依然留有多台古董大炮作展示之用，看着一個個對着一望無際的大海的大炮，想像當年軍人的生活，以及戰爭的代價。
◤大漢據點◢
地址：連江縣南竿鄉仁愛村大漢據點
電話：+886(0)836-25630（南竿遊客中心）
開放時間：8am-5pm
費用：免費
前往方法：搭山線公車至仁愛村站下車，再步行約7分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❸ 鐵堡
鐵板海岸線的西邊，有一塊突出於海面上的獨立巖礁，軍方命人把該巖礁挖成中空，並設立碉堡，內有地下室和炮台等設施。遺世獨立的位置、迷彩外表的碉堡，加上皓瀚的無敵海景，令鐵堡成了軍事迷必到的朝聖之地。
◤鐵堡◢
地址：連江縣南竿鄉仁愛村鐵堡
電話：+886(0)836-25630（南竿遊客中心）
開放時間：全天開放
費用：免費
前往方法：搭山線公車至仁愛村站下車，再步行約8分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❹ 介壽獅子市場
想吃地道的馬祖早餐，所有人都必定推介介壽獅子市場！馬祖唯一一個傳統市場，各攤檔由早上5時多陸繼營業，來買菜的，吃早點的，統統聚集於此！小吃店雖然只有數家，可是間間都是難以忘懷的滋味，蛋餅、虫弟餅和繼光餅等，還有人氣店「阿妹的店」，必吃鼎邊糊和燕餃湯，據說燕餃湯每天約7am便賣光！
◤介壽獅子市場◢
地址：連江縣南竿鄉介壽村
營業時間：每店略有不同，一般為6am-10am
前往方法：搭山線或海線公車至介壽總站，再步行約1分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❺ 大坵島
島上住着超過100隻野生放養的梅花鹿，圓圓的眼睛，一身白斑點，可愛得不得了！大約四十年前，政府漸漸改變馬祖的軍事政策，原本用來種植軍糧儲備的農業研究所關閉，數十隻梅花鹿就送到無人島大坵島放養，從此這個徒步一圈約需兩小時的小島就成了梅花鹿天堂。每年3月、4月至10月，是登島的旺季，屆時會有每天一至兩班船往來南竿福澳港（須預約），讓你在島上逗留約80分鐘探望梅花鹿，想再多留一點，可考慮在島上唯一民宿「大坵島生態樂園」留宿。如欲在淡季時段到大坵島，坊間有不少私人公司提供包船服務，於北竿橋仔村出發。
◤大坵島生態樂園◢
地址：連江縣北竿鄉橋仔村4鄰164號
電話：+886(0)927-189-032
船票預約電話：+886(0)836-22193
船票費用：來回NT$350
FB：大坵一號 馬祖北竿藍眼淚大坵梅花鹿 （私人包船公司大坵一號）
❻ 八八坑道
廢棄的坑道不止可作觀光用途，還可用來作酒窖！為慶祝蔣介石88歲壽辰而名命的八八坑道，長年溫度約15℃至20℃，是極佳的天然藏酒處。馬祖酒廠用它來存放老酒與高粱酒，品質之高，更被指定為國宴用高粱酒，來到八八坑道已由其他台灣本島酒廠租用，不過來參觀的話，依舊可看到坑道大門酒罈一字排開的震撼畫面，以及聞到那濃烈的酒香！
◤八八坑道◢
馬祖酒廠地址：連江縣南竿鄉復興村208號
馬祖酒廠電話：+886(0)800-000-059
開放時間：8:40am-11:30am、1:40pm–5pm
網址：www.matsuwine.com.tw
前往方法：搭山線或海線公車至酒廠站，再步行約3分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❼ 芹壁村
北竿的芹壁村，被不少人稱作「台灣地中海」。馬祖成為藍眼淚的代名詞之前，不少人是為了一睹馬祖的閩東建築群而來。位於台灣西北方的馬祖，距離台灣本島兩百多公里，跟中國大陸的福建省反倒比較近（約十公里），現在住在島上的馬祖人，不少都是福建移民，久而久之，在這裡建立了風格獨特的的閩東文化，當中又以房屋建築最突出。整個馬祖中，約有四個閩東聚落，當中以位於北竿的芹壁村範圍最廣，也最完整。石屋群順着山勢而建，一層一層的錯落有致，背靠芹山和壁山，正面是鏡澳海，被不少人稱作「台灣地中海」，在藍眼淚爆紅之前，這個台式地中海景色，成了不少人到訪馬祖的理由。(詳細介紹，可按《這裡》)
◤北竿芹壁村◢
地址：連江縣北竿鄉環島北路芹壁村
交通：乘海線公車於芹壁站下車；另外山線公車每天有一至兩班繞道到芹壁站；或可預約乘搭北竿觀光公車。(網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❽ 北竿大街
鄰近北竿機場的北竿大街，是北竿最繁華的地方，雖然只有兩三條街道，10分鐘便可走畢，不過街上商店林立，還有便利店和大量網吧，是還在服兵役的阿兵哥們的主要補給站，街上也有不少民宿、餐廳和手信店。當中不可錯過的美食有魚麵和地瓜餃，後者更可配刨冰！
◤北竿大街◢
地址：連江縣北竿鄉中山路、中正路
開放時間：各店不定，當中大部分由8am-9pm
前往方法：搭山線或海線公車至塘岐總站下車，再步行約1分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❾ 津沙聚落
想看閩東村，南竿也有！雖然不如北竿芹壁村般大規模，不過津沙聚落也曾是南竿第二大漁村聚落，鄰近津沙海灘，村內有藥店、商舖和學校等，頗為興盛。隨着馬祖成軍事要塞，大量村民外移，村子荒棄。近年在政府協助下，這百年老村重拾昔日光彩，民宿、咖啡館、餐廳相繼落成，連海邊防空洞也改裝成「碉堡便利屋」，是馬祖唯一的碉堡廁所呢！
◤津沙聚落◢
地址：連江縣南竿鄉津沙聚落
開放時間：全天
前往方法：搭海線山車至津沙村站下車即達；如遇上公車不經過津沙村站，可考慮於陽明橋站下車，再步行約25分鐘 (網址：https://www.ematsu.com/traffic/page_bus)
❿ 藍眼淚生態館
馬祖最新的景點，剛於8月開幕，不單介紹藍眼淚的成因，展示台灣生物學家在該方面的研究，遊客還可走進大型的投影空間欣賞動畫，內容為以藍眼淚為題的淒美愛情故事，重點來了，影片的最後，是一段互動式的藍眼淚場景體驗，遊客踩在地面的投影上，每踏一下，藍眼淚便會隨著波浪浮現，加上浪漫的背景音樂，非常唯美浪漫！另外館內亦有關於馬祖海洋、鳥類和植物的生態介紹，是認識馬祖的好地方。最後當然不少得紀念品店，據稱有最新高科技VR明信片售賣，收信者只要掃描明信片上的QR Code，即可欣賞VR影片。
◤藍眼淚生態館◢
地址：連江縣南竿鄉四維村24號
電話：+886(0)836-23338
開放時間：10am-10pm
費用：NT$350
FB：馬祖藍眼淚生態館
前往方法：搭海線公車至芙蓉澳站下車，再步行約5分鐘；如遇上公車不經過芙蓉澳站，可考慮乘搭山線或海線公車，在文化中心站下車，再步行約20分鐘
備註：動畫影片放映時間暫為每天3場，必須透過Facebook或官方Line預約
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