據科學技術部官網資料顯示，該部門內設機構已調整為辦公廳、一司、二司、三司、四司、五司、六司、七司、八司、九司、十司、國際合作司（港澳台辦公室）、人事司、機關黨委以及離退休幹部局。調整後，各機構不再根據職責命名，改以數字命名，據指是向中共中央機構看齊。
此前，科技部內設機構包括辦公廳、戰略規劃司、政策法規與創新體系建設司、資源配置與管理司、科技監督與誠信建設司、重大專項司、基礎研究司、高新技術司、農村科技司、社會發展科技司、成果轉化與區域創新司、外國專家服務司、科技人才與科學普及司、國際合作司（港澳台辦公室）、人事司、機關黨委以及離退休幹部局。
在2018年的黨和國家機構改革中，將科技部、國家外國專家局的職責整合，重新組建科技部，作為國務院組成部門，科技部對外保留國家外國專家局牌子，國家自然科學基金委員會改由科技部管理。而在前年的黨和國家機構改革中，科技部再次重新組建，方案明確加強科技部推動健全新型舉國體制、優化科技創新全鏈條管理、促進科技成果轉化、促進科技和經濟社會發展相結合等職能，強化戰略規劃、體制改革、資源統籌、綜合協調、政策法規、督促檢查等宏觀管理職責。
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