城市的喧鬧被一束從天而降的詭異光線打破，被青光照耀的人類逐漸僵硬，一個、兩個、三個⋯⋯全人類終被石化，科學文明一夜間化為灰燼，大自然卻色彩依舊。倖存人類被逼重拾石器時代的生活，在殘酷自然間苟延殘喘。3700年後，一名熱愛科學的少年——石神千空破石而出，不但復活人類，更在荒野間重燃人類光火，為世界復甦帶來希望。
這就是《Dr. Stone》所描繪的美麗新世界：不問出生，永不批判過去張張見紅的成績表；大自然生機勃勃，未有光害污染；世界重新洗牌，沒有舊社會的糜爛不堪，世人皆可洗刷過去經歷的挫敗，成為重建文明這項偉大工程的參與者。
順應自然與恢復科學的角力
可有人類的世界，自有矛盾和紛爭。世界被分為兩派，一是主張拯救全人類，重建科學，由千空帶領的「科學王國」；二為銳意消除既得利益者，只復活年輕人，摒棄科學順應自然的「司帝國」。
統領「司帝國」的獅子王司出身貧寒，為了身患重病的妹妹，身為高中生的他不得不成為富人的娛樂玩具——格鬥手，日復日負傷工作，甚至與獅子肉搏。他正因受夠世界不公，才希望「淨化人類」，在新時代建構未被人類污染的世界。
教育及社會規範教導我們人人有生存權力，但若復活既得利益者，是否表示社會終會回到丑陋原點，再將陷入無盡戰爭和破壞？富人花天酒地，窮人則被剝奪打壓？過分砍伐、全球暖化⋯⋯大自然又將被人類肆意侵略破壞？
人類致勝關鍵
世界紛爭不止，文明被毁未有帶來一面倒的絕望，「希望」在人類的信念及努力下破繭而出。即使被石化，千空在千年間仍堅持計算時間；即使文明大倒退，他仍堅信科學，屢創奇蹟，帶回發電機、電話等。他更重建人類秩序——不論強壯的年輕人，還是老弱婦孺，皆可靠努力換取更好的未來。
「司帝國」的居民最終被千空的信念及行動感化，使他們得以用老弱殘兵擊潰人強馬壯的對手，並達成和解，攜手挽救人類百萬年來遺下的文明，破解人類被石化之謎。
也許信念就是戰勝一切醜惡，照亮世界的關鍵。
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