有專家早前建議，在學校廣泛採用噴鼻式流感疫苗，希望藉此推高接種率。惟當季噴鼻式疫苗貨期曾有延誤。有醫療機構稱，貨期延誤易導致疫苗過期而造成浪費，供應不穩亦影響家校信心，部分學校因而放棄使用噴鼻式疫苗。有專家建議，疫苗買賣合約應加入相關懲罰條款。當局未有正面回應受延誤影響的學校數目，並指當季初步疫苗棄置率少於4%。
據報疫苗供應商原本確認，首批共2.1萬劑噴鼻式流感疫苗，會在去年9月中抵港，但最終延誤約半個月，於同月29日才抵港；第二批約5,000劑疫苗則原定去年11月中送抵，最終12月初才抵港，同樣延遲半個月。有參與外展接種計劃的醫療公司表示，噴鼻式疫苗保存期僅4至5個月，若運送延誤容易導致浪費，而且供應不穩未能配合學校時間表，不少學校要延期，甚至放棄接種噴鼻式疫苗，學校及家長對疫苗失去信心。
當局早前披露，上季噴鼻式疫苗的棄置率高達22.7%，而衞生署回覆查詢時表示，一直與疫苗供應商保持聯繫，確保學校使用的噴鼻式疫苗供應穩定，當季流感疫苗棄置率初步數字為少於4%，當署方無回應今次貨期延誤受影響學校的數目，僅指去年第二批疫苗延誤抵港後，已安排7間原先預約在去年11月底至12月初接種的學校重新舉行外展接種，約470名學生在去年12月內完成接種。
醫學會傳染病顧問委員會聯席主席曾祈殷指，疫苗接種是重大公共衞生政策，當局應更主動跟進疫苗運送進度，要求供應商緊貼到貨日期，與疫苗供應商的買賣合約亦應列明運送延誤的懲罰條款，要求藥廠賠償。他表示，校方亦有責任，不應以任何藉口阻礙及抹殺學童接種疫苗的機會。議員林哲玄則建議當局提前購買疫苗，以預留充足時間，學校亦應盡量配合當局安排。
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