海防博物館是香港一個歷史悠久的軍事建築，因為有多個暗巷密室，令整個山頭的氣氛都格外陰森，由於曾經出現太多鬧鬼傳聞，成為香港熱門的都市傳說一點也不意外，愈古老的建築也令人感到愈陰森⋯⋯
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海防博物館中的堡壘和炮台都是一八八七年興建，曾經是鯉魚門要塞的核心地點。由於建築都是作為軍事用途，所以當中有不少暗巷密室，單是堡壘內就有十八間地下室，而且通道相連，因此格外陰森。
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在博物館開館前夕都有過不少恐怖的都市傳說，有指曾有當值的保安員在館內撞見鬼。當中最出名的都市傳說事件發生在2000年左右，當時炮台剛剛改建成博物館，有夜更當值的保安員，致電到電台的鬼故節目。他表示在館內撞見一個長髮及腰、容貌不清的人形物體在半空飄浮，嚇得他立即辭工走人。
另外，有傳聞亦說，一位自稱保安員的人在夜間獨自巡經博物館的「布雷房」和碉堡時，常常聽見女性的尖叫聲，更恐怖的是他聽到，有聲音在他耳邊低聲地說：「去死！」
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當年香港歷史博物館曾向傳媒有回應稱，不排除是因為館方辭退的多名保安員，有人散播謠言；但不會阻止員工在工作間擺放辟邪物品。
不少人都曾經跟過學校去過海防博物館參觀，但好多人都覺得不時感覺到空氣降低幾度，人都寒一寒。亦有身體較為敏感網民表示，去親某些防空洞地點都會好頭痛。
有網民就表示，由於堡壘展示明清兩代、英治時期、抗日戰爭時四百多件歷史文物，自然會有不少枉死寃魂依附其中。