易通行自去年5月推行以來問題多多，經常有車主明明無過隧道但被無故收費。運輸署指啟用後的一個月內每日平均接獲約30宗與隧道收費相關的投訴，佔整體車流量不足0.02%，主要包括車主表示未曾駛經隧道但收到繳費通知，或稱其車牌號碼懷疑被非法盜用，要求退款等。署方事後表示會培訓員工，加強監察。
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然而，易通行問題仍然持續，例如政府去年12月17日實施三隧分時段收費方案，惟實施翌日即首個工作天即「甩轆」，西隧出現收費系統出錯，於早上10時至11時錯誤使用舊版收費表，約4,700架次的車輛受影響，期間收到100宗投訴或查詢。運輸署署長李頌恩就事件道歉，運輸及物流局隨後表示，收錯錢事件雖然初步顯示涉人為錯誤，但絕對不能接受，已促請運輸署必須徹底調查，嚴肅跟進。
此外，今年7月8日易通行又出現系統網絡不穩定的情況，影響部分服務運作，有駕駛人士收到信用卡扣款通知，在一分鐘內被扣款兩次，系統在同日下午才回復正常。運輸署指事件不涉及網絡攻擊，已着隧道費服務商提交報告，雙方會詳細研究改善工作。
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