台灣提供之JN.1 COVID-19疫苗有Moderna及Novavax兩種廠牌，其中Novavax 疫苗依核准適應症僅適用滿12歲以上民眾，目前庫存尚有6.9萬劑，效期僅剩2週（至2025年4月5日），呼籲尚未接種JN.1疫苗且有需求者，請儘速前往接種。
COVID-19傳播風險持續，疾管署指出，上週（3/18-3/24）新增7例新冠併發重症本土病例及1例死亡病例。自2024/9/1起截至2025/3/24，新冠併發重症本土病例累計529例，其中113例死亡，均以65歲以上長者及具慢性病史者為多，其中自2024/10/1起通報之確定及死亡病例未接種JN.1疫苗者均達96%以上。
另近四週本土病例新冠變異株檢出以XEC為主，其次依序為KP.3.1.1、JN.1、LP.8.1等。國際疫情部分，全球新冠病毒陽性率呈下降趨勢，東南亞區近期上升，東地中海及西太平洋區上下波動，其他地區則下降，全球於近28天（1/6-2/2）期間，新增逾14萬例病例及4,500例死亡，相較前28天期間分別下降16%及上升28%，主要流行變異株XEC占比42.7%，其次為變異株KP.3.1.1占比20.3%。
疾管署說明，JN.1 COVID-19疫苗截至3月24日已累計接種204.9萬人次，全國接種率8.63%。由於新冠併發重症本土及死亡病例多數皆未接種JN.1 COVID-19疫苗，呼籲民眾切莫因曾感染過新冠、曾接種先前新冠疫苗，而輕忽疾病侵襲威脅，尤其是感染易併發重症及死亡的65歲以上長者和具慢性疾病者等高風險族群，因疫苗接種後約需2週後才會產生抗體，呼籲尚未接種民眾儘快完成接種，及早獲得保護力，降低重症及死亡發生風險。
疾管署呼籲，清明連續假期將近，民眾掃墓或出遊往來頻繁，除了做好個人衛生及防護外，也應接種JN.1 COVID-19疫苗，提升保護力。如出現發燒或咳嗽、流鼻涕、喉嚨痛等疑似症狀，請儘速就醫並在家休息，保護自己與他人。