機場管理局正發展「機場城市」，其中擬在北大嶼山海岸建設遊艇港灣。料能停泊最多570艘大、中、小型遊艇。不過，項目簡介提到遊艇港灣將填海、挖泥建造防波堤等均可能導致北大嶼海岸公園及大小磨刀海岸公園範圍外的海床直接喪失。而擬建的船隻停泊及碇泊設施非常靠近海岸公園。有保育團體擔心，工程會令附近的水質、漁業受損，進一步干擾中華白海豚覓食及棲息，認為設施未必要在機場島興建，應改到其他較少影響生態的地方進行。
機管局向環保署提交的水上康樂及遊艇港灣發展項目簡介披露，遊艇港灣料為約200公頃的開放式海灣，西至機場島；北至港珠澳大橋香港口岸人工島。擬建的停碇泊設施，包括浮橋及岸邊連接設施，例如舷梯及固定坡道。
其中，香港口岸東碇泊區暫定可碇泊大約20艘至30艘、40米至70米長的大型遊艇；香港口岸南船隻停泊設施則可停泊大約450艘至470艘、20米至60米長的中型遊艇；東涌東船隻停泊處會泊約60至70艘、少於20米長的小型遊艇。
撰寫簡介的顧問公司提到，東碇泊區已物色能滿足水深要求的區域服務大型遊艇，避免大量挖泥，但建造防波堤所需的填海工程及配備若干導樁、船樁及沉錘的海上設施浮橋，均將可能導致北大嶼海岸公園及大小磨刀海岸公園範圍外的海床直接喪失，亦預計項目會對潮間帶生境、軟/硬底質的潮下帶，以及相關動物群產生潛在的直接影響。
不過文件指出，相關工程位置與兩個海岸公園距離超過1公里，而海上設施的500米評估範圍並非中華白海豚及江豚的重要棲息地，而工程亦應考慮滋擾相對較低的施工方法，及採取緩解措施。顧問公司另指，擬建海上設施將增加附近的海上交通量，可能會短暫滋擾中華白海豚，建議機管局採取管理措施，又指後續的環評研究亦將探討停泊及碇泊設施預約制度，以及限速機制等。
文件另指，擬建的船隻停泊及碇泊設施非常靠近海岸公園，因此設施「絕對」只用於停泊，並可能提供污水箱除泥設施，但不提供廁所。而且設施內禁止進行船隻清潔、維護及修理，亦應制訂意外洩漏預防及應變計劃，以避免及控制船隻意外洩漏。至於維修活動將於東涌東的旱塢儲存及船隻停泊維護區陸上設施內進行。
香港海豚保育學會副會長麥希汶向本報表示，服務大型遊艇的停泊設施接近海岸公園，落成後遊艇落錨難免損害海床，而施工過程亦會污染附近水質，先會破壞附近魚類的生存，繼而令海豚更難覓食，最終令海豚不再前來。
麥提到，海岸公園相關海域在機場三跑興建前吸引眾多海豚前往覓食，但現時多次出海巡視仍未見它們回歸，僅在水底聲納探測中發現晚間會有零星海豚活動的蹤迹。她續指，大部分填海完結下，大海終於平靜點，但海豚仍未回來之際再填海，當地生態只會雪上加霜，「是否要將海豚趕盡殺絕？」
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