近來有醫師回憶過去疫情狀況，表示當時BNT疫苗被懷疑引發心肌炎，有許多醫師為了讓家長們放心給青少年施打BNT，建議可以在施打前後幫青少年照心電圖，而直指當時指揮中心不認同、防疫專家也反對，對此，疾管署今（23）日上午也發布澄清，有關外界所謂「遭指揮中心防疫專家反對、指揮官也不認同」都是誤解，當時同意執行。
根據美國最新研究，施打COVID-19疫苗可能引發心肌炎，該研究蒐集了307位案例，其中95%是BNT、5%是莫德納，九成是18歲以下的患者，九成是男性，「發病者小男生為主」，且小男生風險高於成人族群10倍。
而精神科醫師沈政男則在臉書發文表示，疫情間柯市長在2021年10月初提出「接種第二劑BNT前、後，都安排做心電圖檢查」的方案，結果遭到指揮中心眼中的一些防疫專家的反對，指揮官陳時中也不認同。
對此，疾管署今回應，在2021年10月9日中央流行疫情指揮中心記者會，有記者提問此事並露出後，疾管署即收到台大醫院主持此案醫師主動來訊說明「並非接種前例行以心電圖篩檢，而是在接種第二劑後以心電圖早期找出心肌炎個案」，並說明該研究提案當時已在進行人體研究倫理審查，審查通過後將以公文請台北市衛生局報指揮中心同意後才會執行。
指揮中心在2021年11月4日回復北市敬悉此案（即同意備查），並同時副知台大醫院。而有關外界所謂「遭指揮中心防疫專家反對、指揮官也不認同」一事，疾管署則強調，都是誤解，本研究提案於該日記者會記者提問後，經台大醫院醫師來訊、北市來函說明台大醫院研究提案內容後，指揮中心即回復同意台北市及台大醫院執行此案。
另外，疾管署也說明，心肌炎為接種新冠疫苗後罕見的不良反應，疾管署2023年公開發表於「微免與感染期刊」的資料顯示，新冠疫苗後心肌炎以12-17歲男性接種第二劑BNT疫苗發生率最高，為百萬分之126.79，與國際間報告之萬分之一發生率相近。