「香港健康碼」系統由12月10日上午9時起開通，供用戶申請註冊帳戶；而「安心出行」流動應用程式3.0版本亦會同步上架。「港康碼」採取實名登記，用戶有45分鐘的時間填寫登記表。
「港康碼」申請人需登記個人資料如姓名、身份證明文件號碼和簽發日期、聯絡電話號碼、居住地址等資料，並上載在港住址證明。現正居於房委會轄下公屋的申請人不用提交住址證明，系統會與房委會的公屋住戶數據庫直接核實。核實住址後，申請人會獲發個人識別碼以啓動帳戶。
若申請人未能提供在港住址證明或系統未能核實住址，則需等候由政府發出的確認信件，有關信件寄到申請人登記的住址，方可啓動帳戶。申請人如非香港身份證持有人，需攜同信件及身份證明文件到指定郵局核實身份。
用戶要設定密碼及安全提示。然後確定帳戶資料。當系統確認申請後，系統核實身份及地址後會發出個人識別碼短訊。
成功註冊帳戶後，然後用戶可以首次登入「港康碼」系統，登入時需要選擇身份證明文件類型及身份證明文件號碼，以及登入密碼。啟動帳戶後系統會提示用戶檢查登記電話號碼是否正確。其後每次登入會發出短訊到登記電話號碼核實身份。
而安心出行程式主界面會有一欄「香港健康碼系統」的按鈕，寫有「啓動連接香港健康碼系統」，按下按鈕後置頂第一欄是「登記、申請香港健康碼」，用戶之後要按「登入系統」。
然後用戶回到安心出行程式，按第二個按鈕「上傳安心出行紀錄到香港健康碼」。然後輸入「港康碼」帳戶及密碼。「港康碼」發出一次性驗證碼短訊到登記手機號碼。用戶之後要輸入帳戶號碼（證件號碼）及密碼，用戶每次登入，系統會透過短訊發出一次性驗證碼。
之後需要申請「港康碼」的用戶，可去到香港健康碼系統，按「健康申報及申請健康碼」。如果用戶沒有上載安心出行紀錄，系統會有一行紅色字句「系統找不到登記人今天從安心出行上載的出行紀錄，請登記日立即上載，以申請香港健康碼。」
用戶要申報，過去14天有否發燒、咳嗽、氣促、呼吸困難、喉嚨痛的症狀。然後系統檢查使用者是否屬於高風險群組，如正接受強制檢疫。檢查其住址和「安心出行」紀錄是否在過去21天被定為高風險地點，如有確診者曾到訪或被定為強檢區域。
用戶按下提交之後，系統會顯示「登記人的申請正處理中。請透過本系統的『檢視健康碼』功能查閲結果。」
用戶之後會獲取由系統判定的紅、黃或綠色個人「港康碼」。紅色代表確診者、疑似確診者、密切接觸者、密切接觸者的家居接觸者、確診者出院後未滿14天、正接受強制檢疫人士、申報過往14天身體曾帶有症狀人士。
黃色代表過去21天曾到訪或住於高風險地點包括曾被定為強檢區域、抵港後未足21天包括已完成強制檢疫的入境人士、抵港後未足21天的豁免強制檢疫入境人士，經「來港易」「回港易」從內地或澳門入境人士除外。
綠色只在當天有效，可申請轉碼到「粵康碼」或「澳康碼」。
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