《凌晨兩點的灰姑娘》迎來大結局，無論是主CP允瑞（申鉉彬 飾）為了與柱元（文相敏 飾），還是副CP 始元（尹博 飾）與美珍（朴素珍 飾），都得到了圓滿結果。
允瑞為了能與柱元結婚，必須通過最後一關——柱元的母親、財閥集團會長金善珠（陳熙瓊 飾）。 為了完成「灰姑娘的故事」，允瑞陷入了必須公開自己童年傷痛的危機。
正在為柱元策劃反向求婚活動的允瑞，決定先將她以分手為名收到的錢退還給柱元的母親金善珠。 但見到允瑞的金善珠大為惱怒，第二天便十分冷漠地提前處理了允瑞的辭職。 得知允瑞要辭職的成民（李玹雨 飾）提議為她舉辦送別會，而因嫉妒心驅使匆匆趕來的柱元也加入了聚會。 成民和柱元依舊圍繞著允瑞針鋒相對，而在允瑞暫時離席時，成民對柱元提出了真誠的建議，説明他扭轉母親的心意。
醉酒回家的柱元向母親傾吐了多年來未曾說出的真心話。 為了不讓母親失望，他甚至不敢有夢想，但這一次他告訴母親：「我想要幸福。 」這番話動搖了金善珠的心。 第二天，金善珠一改冷漠的態度，展現了開放的心態，給了柱元和允瑞一絲希望。
允瑞通過反向求婚回應了柱元後，再次與金善珠單獨會面。 金善珠表示「好好當灰姑娘吧」，並以「接管獎學基金會」為條件，同意了她與柱元的婚事。 然而，金善珠背後的真實意圖卻是利用允瑞不幸的家庭背景，打造出如同童話般的故事來吸引大眾的關注。
柱元一家因父親出軌引發的離婚訴訟而面臨危機。 金善珠為了恢復公司因「財閥霸凌」醜聞而受損的形象，曾試圖利用允瑞，讓她負責獎學基金會。 然而，允瑞的弟弟智錫（金泰正 飾）無意中聽到了姐姐與朋友的對話，得知柱元母親試圖利用姐姐的傷痛，憤怒地衝去質問柱元。 允瑞得知一切後，安撫了情緒激動的柱元。 她勸說柱元「生氣隨時可以，但安慰的機會只有現在」，希望他不要將母親金善珠逼入絕境，而是給予她安慰。
三母子的尷尬外出開始了。 因耗盡汽油三人被困在了路途中，這反倒給了他們一個坦誠交談的機會。 金善珠也坦言她從未擁有過幸福的家庭，因此無法給予兒子幸福。 最終，金善珠決定取消公開允瑞家庭背景的計劃，並無條件同意兩人的婚事。
與此同時，始元與美珍的關係也有所進展。 他們確認了彼此的心意，開始了真正的戀愛，像其他情侶一樣會互相嫉妒對方有異性朋友，甚至因忘記結婚紀念日而發生爭執，逐漸成為一對真正的夫妻，先婚後愛，甜度爆表。
終於婚禮如期到來，正如允瑞所說的「我的價值我自己知道」，她在婚禮當天光彩照人。 允瑞和柱元憑藉對彼此的真心，戰勝了分手的危機。 他們用實際行動證明瞭，日積月累的幸福比童話更美好，在眾人的祝福中舉行了婚禮。
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