保安局局長鄧炳強書面回覆議員提問時表示，特區政府得悉深圳方面並無計劃將港鐵東鐵綫引入深圳羅湖區，深圳即將為羅湖口岸實施改造工作，羅湖口岸的整體設施布局及旅客通關走線不會因而改變，會繼續沿用目前的清關模式，不會使用「合作查驗、一次放行」。
立法會交通事務委員會委員張欣宇表示，據他了解，羅湖口岸重建涉及兩個層面，包括短期內部裝修優化改造，以及中長期尋找地方重建口岸，而目前深圳方面正進行的是內部裝飾，主要是消除安全隱患，未必能夠改變目前「兩地兩檢」的通關模式，但他認為日後並不排除「合作查驗、一次放行」的模式，可於重建的口岸內推行。
張欣宇又說，羅湖口岸目前人流多，效率不及其他口岸，有提升效率的需要，但將東鐵綫引入深圳羅湖區，從規劃及方向性層面來說，主導權在深圳方面，他相信深圳市政府內部亦需要時間論證和尋求共識。
立法會保安事務委員會主席陳克勤表示，實施「合作查驗、一次放行」要視乎具體情況，深圳現階段未有提供具體資料，他難以評論。不過他認為，要便捷通關有很多方法，除了通關模式，亦可以透過科技協助。