波波醫生日前因醫療疏失事件引發熱議，醫師蘇一峰在臉書質疑「衛福部就是最大的內鬼」。對此，邱泰源直言「沒有這回事！」並未特別支持哪一個團體言論，重點是把制度弄好。
小牙醫聯盟反對波波醫師，連總統賴清德日前也針對國外牙醫系畢業生回台實習名額的問題，表示「我要在此重申，依據衛福部作業要點規定，每年國外回台實習名額就是50名，政府承諾不會提高名額」。
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至於偏鄉地區極度短缺的醫療量能問題，賴清德說，目前研議中由持國外學歷畢業生投入偏鄉服務的作為尚未定案，請衛福部提獎勵計畫優先以本國學歷畢業生補充偏鄉人力，並秉持公開透明原則，做好社會溝通再做決定，政府絕對會以國人的健康與福祉作為優先考量。
不過，小牙醫聯盟仍表不滿，準備24日走上街頭。衛福部今（15）日上午與台灣基層牙醫師協會暨本土小牙醫聯盟開會，衛福部長邱泰源會前受訪被問及網路截圖指衛福部支持波波，他直言「沒有這一回事！」
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邱泰源表示，重點是要把制度弄好，讓社會更和諧，維持醫療品質且讓人民健康能夠得到最好的照顧，並直言「我也沒有任何、我的家人也沒有任何人，我的家人念醫學系都是念本土的，所以我們不可能去特別支持任何群組。」
國內在2022年6月《醫師法》修法針對國外學生做嚴格認定，不過本土小牙醫聯盟質疑，當時擔任立委的邱泰源為波波醫師開後門，上任之後現在是在補漏洞。
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對此，邱泰源特別澄清，當時支持政府提出修法版本，並且讓法案順利出委員會，這是用來「關門」的法令，並強調，自己沒有提出任何附帶決議，僅是要在其他委員提出各方意見時協助成案，讓法條能夠順利的送出委員會。