福州馬祖小三通以往自福州出境需通過海關查驗、客運站安檢兩道關卡，經馬祖連江縣長王忠銘多次提出簡化通關要求，福州琅岐、黃岐港口岸出境旅檢通道查驗設備經改造及軟件系統整合升級後，「兩檢並一檢」已正式啟用。大陸出境旅客將隨身行李放入「兩檢並一檢」設備中接受檢查，旅客同步進行人身安檢、體溫檢測，不到1分鐘即可完成出境檢查。
連江縣交通旅遊局表示，以前通關要先過一次安全檢查，再過一次海關檢查，行李物品多的時候要搬來搬去，不僅耗時也麻煩，對老人家更是困擾，海關和安檢實行「兩檢並一檢」模式，使通關更方便。
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此外，海關與安檢部門通過機器聯合判圖、專區聯合檢查、現場互相支援、依法聯動處置，將以往串聯工作流程變為並聯，實現口岸不同部門之間監管資源的合理共用與互補，簡化通關流程；除少數情況下，旅客隨身行李需接受開包檢查外，通關一路暢通，毋須停留等候。
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