有運動比沒運動好，但調整運動時間能為健康帶來更大的效益，如果是想改善新陳代謝或是降低心血管風險，研究發現早上時段最好，但不是愈早愈好，且女性在早上運動的效果比男性更好。
早上運動能降心血管病，女性比男性效果更好
該研究觀察8.7萬名年齡介於42～78歲的健康受試者長達6年，當中有約6成是女性，並讓他們戴上電子手錶紀錄運動時間。6年後，約有2,900名參與者罹患心臟冠狀動脈疾病，另有約800人中風。
從運動時間來看，早上8點～11點之間運動的人，罹患冠狀動脈疾病降低了16％、中風機率降低21％，但8點前運動的人，罹患冠狀動脈疾病只降低了約11％。
這樣的運動效果女性更明顯。女性參與者運動降低冠狀動脈疾病和中風的風險分別降低了22％和24％，若在8點～11點運動，更降低心血管風險達35％。這項研究發表在《歐洲預防心臟病學期刊（European Journal of Preventive Cardiology）》。
美國斯基德摩爾學院（Skidmore College）人類生理學教授亞希洛（Dr. Paul Arciero）對這個研究有同樣的看法。他的研究也發現，在早上運動的中年女性，3個月後，血壓比在晚上運動的女性降低了10％，由此可知早上運動的女性能更大幅度降低心血管風險。
運動時間和效益說法多，可能跟生理時鐘有關
該研究作者，荷蘭萊登大學（Leiden University）醫學院博士候選人艾爾巴拉克（Gali Albalak）表示，先前她的研究找了207個平均年齡64歲，健康但是久坐、缺乏運動的人，發現在早上運動能降低BMI、改善血糖和胰島素抗性。
另外也有研究發現，早上運動比晚上運動，更能降低壓力荷爾蒙，長期下來也能降低心血管的風險。
中醫也有類似的看法。中醫認為人要活動要等陽光出來、陽氣復甦時才適合運動，這時體溫上升、血管放鬆，這時運動對心血管較好；清晨、陽光還未露臉、體溫較低且肌肉較僵硬，運動可能會對心臟健康造成風險。
不過運動時間和運動效果的研究，大都是觀察性研究，還沒有完整的理論可以解釋。國泰綜合醫院社區醫學部部主任莊海華指出，體溫、心跳、荷爾蒙都有一定的規律，但每個人的生活作息和生理時鐘都不同，所以很難有一套運動標準，「更好的應該是相對時間，例如起床幾小時後做什麼運動最好，但目前這樣的研究還不多。」
早上或傍晚運動 適合的型態、健康效益大不同
只要能配合自己的時間且能規律化，就是最好的運動時間，但如果時間有餘裕，適度調整運動時間對健康效益更大。雖然運動時間和健康效益都還只是觀察性的研究，原因也眾說紛紜，但多年下來已經歸納出一般人運動時間和健康兩者間大致關係：
‧ 早上運動：
效益：減脂、降低心血管疾病風險（尤其女性）
適合運動型態：低強度有氧運動。身體經過一整個晚上沒有補充水分、血液較黏稠，心臟要花更大的力氣把血液打到全身，運動營養師謝朝傑建議，如果要早上運動，建議先喝點水，並做低強度的運動，如慢跑、健走等等。
‧ 傍晚運動：
效益：增肌
適合運動型態：重量訓練或是高強度訓練。傍晚時體溫較高，肌肉、血管彈性最好，且已經吃過中餐，身體有能量可以消耗，這時可以做高強度的運動，例如高強度間歇性運動或是TABATA。
仁生復健科診所院長陳渝仁也指出，傍晚4點後體溫會比平時高出0.5度，可以幫助肌肉重組和生長，所以在傍晚時增肌效果較佳。
‧ 晚上運動：
效益：增肌、降低心血管疾病風險（尤其男性）
適合運動型態：重量訓練或是低強度訓練
根據一篇發表在《生理學前沿（Frontiers in Physiology）》期刊的研究發現，男性晚上也可以練肌肉，但有氧運動能顯著降低心血管風險。莊海華也指出，之前也有研究發現晚間6～8點適合重訓，因為符合大部分人的作息，那時心情放鬆、體溫高，且運動後用餐有助增肌。
不過晚上運動建議以低強度運動為主，因為太高強度的運動會活化交感神經、導致難以入眠。
恆新復健科診所院長王思恒也表示，會失眠的人建議就寢3小時前不要運動，沒有失眠問題的人也建議睡前1小時不要運動，如果隔天需要早起或是有重要行程，建議以睡眠為重，可考慮先暫停運動以免睡不著。