原屬於《Pokemon X / Y》第六世代卡洛斯地區的專屬內容「超級進化」正式於《Pokemon GO》登場，遊戲內準備一連串的活動等著訓練師參與。
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超級進化
《Pokemon GO》使用「超級能量」讓寶可夢超級進化，訓練師可參加頭目是超級進化寶可夢的「超級團體戰」收集超級能量，擊敗頭目的時間越快，可獲取的超級能量就越多。只要將寶可夢進行一次超級進化，再次超級進化所需的能量就會減少。
首批開放超級進化的寶可夢有妙蛙花、噴火龍和水箭龜，牠們近期將會出現在超級團體戰，不過暗影寶可夢無法進行超級進化。
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超級進化寶可夢可參與的冒險
- 團體戰：參加團體戰時同陣營裡有人派出超級進化寶可夢，只要使出與牠屬性相同的招式，就能獲得額外的攻擊加成，但攻擊加成效果並不會隨著場上的超級進化寶可夢數量增加。
- 道館對戰：超級進化寶可夢可參與道館對戰，但不能佔領道館。
- 訓練師對戰：超級進化寶可夢可參加一般訓練師對戰，尚未開放至 GO 對戰聯盟，但官方已表明未來有開放計畫。
- GO 火箭隊對戰。
- 成為夥伴。
- 拍攝 GO Snapshot 照片。
GO 超級手鐲
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原作中必須使用 GO 超級手鐲才能才能讓寶可夢超級進化，但在《Pokemon GO》並不需要，因此它將成為遊戲中的換裝道具，並在商城上架。
特殊調查任務「超級大探索」
完成有關超級進化的特殊調查任務即可獲得大針鋒的超級能量，步驟如下。
階段 任務 獎勵 1 傳送 3 個禮包給朋友 10 精靈球（紅球） 與夥伴步行賺取 1 顆糖果 10 好傷藥 捕捉 15 隻寶可夢 25 大針鋒超級能量 取得階段獎勵 遭遇 獨角蟲✨
3 神奇糖果
5000 經驗值 2 強化寶可夢 5 次 20 獨角蟲糖果 進化 1 隻獨角蟲 2000 星塵 擊敗 3 個 GO 火箭隊手下 1 特級入場券 取得階段獎勵 100 大針鋒超級能量
1 大招學習器
5000 經驗值 3 贏得 1 場團體戰 6 活力碎片 參加 1 場超級團體戰 2 銀梨果 捕捉 10 隻寶可夢 6 厲害傷藥 取得階段獎勵 25 大針鋒超級能量
3 神奇糖果
5000 經驗值 4 取得獎勵 1500 星塵 取得獎勵 1500 星塵 取得獎勵 1500 星塵 取得階段獎勵 25 大針鋒超級能量
1500 星塵
5000 經驗值
超級進化主題活動
9 月起將有一連串的超級進化主題活動，已知內容為：
- 9 月 1 至 7 日：超級團體戰
- 9 月 11 至 17 日：道館對戰、訓練師對戰
- 9 月 22 至 28 日：超級進化寶可夢夥伴