士林地檢署2017年偵結浩鼎案，依《貪污治罪條例》起訴翁啟惠及張念慈，案件目前仍在士林地院審理中。至於內線交易部分，則因罪證不足，處分翁啟惠等12人不起訴。而案經高檢署發回，士檢21日仍認罪嫌不足，二度處分不起訴。
2016年台灣浩鼎生技公司因新藥解盲效果不如預期、股價下跌，翁啟惠因浩鼎公司公布新藥解盲失敗當天出脫持股，遭檢舉疑涉內線交易，士林地檢署2016年3月分案，交由重經專組檢察官偵辦，4月間搜索翁啟惠等人住處，查扣中研院癌症專利技術轉移的資料、相關資金流向等，同步約談翁等人到案。
在翁啟惠涉嫌內線交易的部分，士檢2017年首度偵查時認為翁是在阮姓證券營業員建議下才賣股票，翁啟惠雖參加浩鼎公司在2015年8月28日的專家會議，但未有證據證實翁有直接參與、執行臨床試驗，翁也不知道浩鼎的試驗法不符新藥查驗規定，導致通過審核微乎其微，以罪嫌不足處分不起訴。
此案經檢察官依職權送請台灣高等法院檢察署再議，由高檢署發回士檢續行偵查。
而士檢21日指出，阮姓證券營業員證稱，翁啟惠是很少交易的客戶，當時阮姓證券營業員考量浩鼎即將解盲，但結果不確定，基於少賠為贏，主動打電話給翁啟惠與其他持有浩鼎股票的客戶，提醒若價格合理可以先行出脫。
承辦檢察官勘驗翁啟惠與營業員105年2月18日的對話紀錄，營業員向翁啟惠表示，「院長，因為剛剛那個浩鼎今天，你知道它2月21日這禮拜天會解盲，最新消息出來後，今天浩鼎的股價有漲超過700元，我們有需要先出一點嗎？還是等下禮拜一再看？」
檢察官認為，翁啟惠是因營業員建議，才出售浩鼎股票，並非利用得知浩鼎重大消息才買賣股票，罪證不足，二度處分不起訴。至於翁啟惠與浩鼎董事長張念慈被控貪污部分，仍由士林地方法院審理。（民進黨初選白熱化，蔡英文叮嚀…）
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