教育部離譜拔管，引爆各界不滿，台北商業大學校長張瑞雄發起全民連署，要求教育部「退出政治干預，尊重大學自主」。他表示，大學必須保持超然地位，否則做出來的研究，將不再有公信力，會導致國家退步，目前已經超過3萬人簽名連署。前台大校長李嗣涔也哽咽表示，「大學自主」價值淪喪，全國師生都應群起反抗。
這封連署以「我們不再沉默了」為題，從29日傍晚開始發起，不到一天的時間，已經超過3萬人加入，並刻意選擇在5月4日截止。連署指出，大學自治和學術自由對於大學運作良好至關重要，是國家社會未來可持續進步的重要關鍵。限制或破壞大學自治的嘗試有很多種形式，有些比其他更明顯，有些更受社會關注，有些則無法識別。如果堤防的小洞不去關心彌補，大學自治潰堤是早晚的事。
台北商業大學校長張瑞雄表示，近日他和幾位大學校長討論，認為台大的事情已經不是單一學校問題，大學在國家扮演獨立機構，很多研究報告都是因其超然地位，才能獲得人民信任，一旦政府介入，人民一定會懷疑有國家機器在背後操作，大學的公信力就會蕩然無存。
李嗣涔接受電台訪問時也表示，30年來「大學自治」精神帶領台灣學界步步走向學術自由，但當教長吳茂昆駁回聘任的當下，「過去那些篤信的價值垮掉了，努力皆隨之付諸流水」，令他感到非常悲痛。
李嗣涔強調，根據《大學法》第九條，校長經遴選委員會選出之後，就由教育部聘任之，有任何問題都應該回到遴選委員會來作決定；「獨董」程序問題也早已送回遴選委員會確認無瑕疵，就算還是有問題，那也應該根據法規回到委員會去認定，而不是由教育部專斷決定。
他表示，有規範當然依循規範，事前未詳加規範卻在事後才另添約束，這是完全不合理的，法治精神崩潰至此，「大學自治」也將隨之崩潰。
